瞄准国际农业科技发展前沿，立足提高我省农业自主创新能力，在重点领域取得突破，构建资源节约型、环境友好型农业生产模式，以全面提高农业经济效益，增强我省农业产业国内外市场竞争力，保障食物和生态安全，进“三农”问题解决，建立社会主义新农村为重点任务。
（一） 推进动植物品种创新工程建设
广东省具有丰富的生物种质资源，要充分利用国家种质资源圃、广东省农作物及林木种质资源库、省市共建种质资源库、广东省资源数据库等平台，开展种质资源发掘和创新，进行农业生物种质资源的科学鉴评，育种核心种质构建及优异功能基因的挖掘，转基因、诱变等新技术对种质资源的创新。在动植物育种方面，我省动植物育种的目标和方向是优质、高产（超高产）、高抗、专用，育种技术的发展将强化高效育种技术平台的建立，开展针对重要农艺和经济性状的分子标记定位技术和分子标记辅助育种技术体系的研究，开展针对重大病虫害、逆境因素和品质改良的多基因聚合育种技术研究，建立快速、准确、高效、安全的转基因技术体系，研究适合于作物及林木育种的生物信息学研究以及定向育种技术，促使高新技术与传统育种技术相结合，大幅提升广东育种技术水平，努力实现农业生产良种化。
（二） 加快农业高新技术研究及其产业化进程
农业高新技术是现代高新技术与农业相结合而产生的，主要包括生物技术和农业信息技术等，广东要实现由农业大省向农业强省转变，必须要在农业高新技术及其产业化方面取得突破。我省在农业生物技术和信息技术研究方面有一定的基础和条件，但与国内外发达地区相比，仍处于相对落后的位置，急需在“十一五”期间加强研究和产业化力度，力争取得重大突破。生物技术研究的重点是特色动植物基因组学研究，构建优势特色生物核心资源分子数据库，开展动植物转基因育种技术和分子标记辅助育种技术研究，争取在抗性优质转基因动植物新品种选育方面有突破。加大动植物及微生物生物反应器研究力度，生产生理活性物质，研制开发生物医药产品。利用广东丰富的生物资源，开发生物农药、生物肥料、生物饲料及添加剂、生物兽药及疫苗、生物污水处理剂等新一代生物制剂。在农业信息和数字农业建设方面，重点是农业信息网络化技术，智能化农业专家系统，农业宏观信息采集和处理技术研究、积极配合“数字广东”重大行动建设。启动生物质能源研究开发工作，筛选适合我省发展的生物能源植物，为大力发展生物质能源产业奠定基础。
（三） 构建农业综合生产关键技术体系
广东农业正由传统农业向食品农业转变，初级农业产品是食品的原料，农业种养与食品安全息息相关。在健康农业方面，我省仍有一些关键共性技术尚未攻克，有些技术需要集成达到产业化应用，随着我国加入WTO，对农产品标准化生产要求更高，农业标准化是农业科技水平的综合表现，其标准化的研究需要长期性、持续性。与食品安全及健康农业生产紧密相关的是动植物病虫害防治技术，随着农业生产环境的改变以及农产品进出口活动的增加，动植物病虫害不断有新种类出现，需要研究病原及危害传播规律以及高效防治对策。广东地处热带亚热带，病虫害发生非常严重，在生产上损失达20%左右，因此，病虫害防治成为提高效益、稳产增产的重要手段。农产品实行市场准入势在必行，因此，在现有技术的基础上，要建立一套快速、准确的质量检测体系，研究新的危害因素，提高检测技术水平，追赶世界发展趋势。我省在健康安全农产品生产方面尤其需要强化核心关键技术的创新和与国际相接轨的标准化生产管理体系建立。
（四） 促进生态农业与资源环境保护
广东自然资源相对紧缺，人均耕地只有0.03公顷，居全国倒数第二位。林业用地侵蚀面积3019570公顷，占林地总面积的29.8%。由于耕作经营粗放，导致农林地的土壤质量下降，中低产田比例占1/3以上，森林质量普遍低下。“寓粮于田，寓木于林”，因此急需要研究提高地力和肥效环境友好型的可持续高产高效生态安全栽培新技术。农业和林业生产过程中产业大量的桔杆、粪便、森林采伐利用的剩余物等废弃物的循环利用，符合资源节约型社会的发展方向。对已被污染的农业生态环境和退化的林地，需要以农业和生物技术的手段进行修复。在引进国外先进技术和品种的同时，外来有害生物的入侵造成生态灾难，需要研究新的防控技术。气候与农业息息相关，一方面可高效利用当地气候资源，促进农业增收，另一方面要做好灾害防御。
（五） 继续加强农产品保鲜加工技术开发
我省农产品加工业发展迅速，农产品加工业整体水平处于全国先进行列，但与发达国家和国内先进省份相比仍有较大差距。特别突出的农产品精深加工技术研究和应用水平较低，加工副产物综合利用率低，加工设备落后等方面。“十一五”期间，鼓励发展农业产业化经营，培育大宗农产品加工科技型企业和农业龙头企业。重点研究岭南特色的主要水果、蔬菜等深加工及产业化技术；开展大宗畜产品、水产品的保质保鲜与精深加工技术研究；支持海洋生物活性物质加工技术研究与产品开发；研究开发林产品和林产化工产品的高效利用及深加工技术；发展农产品专储、专运技术，加强农产品保鲜、包装材料和加工设备研究；加强大宗副产品利用和废弃物处理技术研究。
（六） 加快发展农业机械与设施农业技术
我省耕种收综合机械化水平是22.6%，而全国耕种收综合机械化水平是31%，在全国处于偏低水平。适合我省地块小、台风多、空气湿度大、炎热、风多、雨多等省情的农业设备和设施缺乏，同时在农产品加工产业与发达国家及先进省份相比还存在加工设备比较落后，具有区域特色的农产品加工设备品种少、能耗高，不能满足农产品加工业发展的需要；我省养殖机械化技术发展较慢，集约化养殖的废弃物和污水处理技术落后，制约了养殖业的持续发展。“十一五”期间，我省重点支持机械化种养工程技术与设备、农产品加工储运设备技术、现代农业装备工程技术、农业资源与设施农业工程技术、植保机械工程技术等。加速适应华南气候与农业特点的设施农业技术和装备的开发。主要包括：降温效果好、抗腐蚀能力强的温室，抵御台风的袭击能力强的沿海温室和养殖装备等，经济实用的较高档次的连栋温室，开发温室环境控制系统、植保设备及其它小型适用的农机具等配套设施设备。
（七） 加强重大人兽共患病防控与农业灾害应对研究
非典、禽流感、口蹄疫、猪链球菌等人兽共患病的发生，给人类敲起了警钟，迫切需要加强疫病流行与暴发机理、防治疫苗等控制技术和产品的开发；加强野生动物疫病监测与防控技术研究。自然灾害也是威胁我省农业稳产、农区群众安全的隐患之一，需要强化重大农业气象灾害、森林火灾和地质灾害防御技术研究。开展气象条件对农业生物产量和品质影响的定量化、指标化和临界条件研究，提出农业气象灾害和森林火灾发生的关键因素，建立农业气象灾害与林火监测方法、预警系统及信息发布平台。加强对沿海防护林体系、湿地红树林建设与保护技术研究，减轻沿海地区遭受台风、海啸等自然灾害的袭击。利用卫星遥感对干旱、低温、暴雨、森林火灾、病虫害发生发展、受灾程度及经济损失进行动态监测，建立评估系统，提高农林业灾害防控效果。
（八） 构筑农业科技创新平台和创新体系
“十五”期间，我省在农业科技创新平台和科技创新体系建设方面取得了令人瞩目的成就。为适应建设创新型广东和提高自主创新能力的需要，“十一五”期间仍需进一步完善新型的农业科技创新平台和创新体系建设。重点是积极争取承担华南区域创新中心建设，争取一批有优势特色的研究所纳入区域创新体系。在高等院校，采取与教育厅等部门共建新建一批农业类重点实验室。在开发型研究所，采取整合资源和省市共建方式加大对农业类公共实验室的投入，有条件的创建行业创新平台。在国家种质资源圃和省市共建资源圃的基础上进一步提高和完善资源保护条件建设，重点是建设广东省农作物种质资源保护库。发挥企业创新主体的作用，与高等院校科研单位共建企业创新中心。
（九） 完善农业科技转化推广服务体系建设
随着农业生产方式的转变和“三农”难点问题的凸显，转化推广服务的任务更加艰巨，要重点抓好几个方面的工作，一是转化推广队伍的建设，要鼓励高校和科研单位的科技人员带成果带技术参与推广工作，与地方共建农业科技推广机构，开展农业科技咨询服务；二是提高基层农业技术推广水平，完善农技站基本建设，提高推广人员科技素质，探讨一条农技推广公益事业与市场经济相结合的新型推广机制；三是加大农业科技培训力度，使农业从业人员的科技素质有大幅度提高；四是支持农业产业协会的科技创新活动，带动农民提高技术水平。
（十） 强化农业技术集成创新
“十一五”期间，要建设一系列农业新技术新成果集成应用创新的示范平台，在不同区域，不同产业建设各具特色和各具优势的星火技术产业带和各种类型的农业科技园区及科技示范基地，使其成为农业高新技术密集区和区域经济亮点，培育规模农业经济增长点。针对广东的不同区域的特色和优势，建设重点各有侧重。在珠江三角洲地区，鼓励农业现代化示范区、农业科技园区建设；鼓励发展蔬菜、水产品、花卉、农产品加工品等高档农产品和集约化、外向型农业生产基地建设；鼓励农业机械化示范。在粤东、粤西地区，鼓励发展水果、蔬菜、茶叶、蚕桑、畜禽、水产品和优质农产品生产、加工、销售一体化的示范基地以及南亚热带现代农业示范区；建立速生丰产林基地，发展经济林果业；建立农业节水技术示范基地，加强农田灌溉等水利工程的维护和建设的关键技术研究。在粤北山区，大力推广良种良法，鼓励建立一批特优稀产品生产示范基地，在水稻主产区积极推广超级稻品种和配套栽培技术，推动超级稻品种大面积应用；提高山区资源的综合开发能力；加强产品结构调整，开发一批山区“造血型”项目；引导企业开展农林产品深加工；鼓励和引导珠江三角洲地区的科技先导型企业到贫困地区开展经济合作，共同推进区域经济协调发展。在沿海地带，加强海水养殖业技术的综合示范，推广健康、无公害养殖模式，发展绿色、健康型渔业；加强水产种苗和病虫害防治体系建设，加速“海上牧场”的建设进程。